ファンケルグループでは、経営に対して、業務の有効性と効率性、財務報告の信頼性、法令遵守に対応するための仕組みとして、内部統制システムを構築しています。
2022年5月には、内部統制の適正性の確保と全社的なリスク・コンプライアンスマネジメントの向上を図ることを目的に「コンプライアンス委員会」・「内部統制委員会」を統合し、「グループリスク・コンプライアンス委員会」を発足させました。2024年12月20日、ガバナンス体制の変更に伴い、「ファンケル経営戦略会議」をファンケルグループにおける最上位の会議体として設置し、また、「ファンケル経営戦略会議」の下部組織として、「グループリスク・コンプライアンス委員会」と「サステナビリティ委員会」を配置しました。
年1度、これらの委員会・会議体および関係部門で検討のうえ「事業等のリスク」の抽出を行い、ファンケル経営戦略会議で決定し、リスクへの対応状況についての実行性をファンケル経営戦略会議が検証し、解決していないリスクについては、更なるアクションを行うことで、リスクへの対応策をレビューしています。

ファンケルグループ全体で品質マネジメントシステムの国際規格「ISO9001」の外部認証を2000年11月に、国際規格「ISO14001」の外部認証を2002年11月に取得しました。いずれも現在は認証返上していますが（ISO9001：2015年11月返上、ISO14001：2014年11月返上）、この間に培ったリスク評価の仕組みを現在まで継承し、品質監査の実施など、独自のマネジメントシステムを構築・運用しています。

「グループリスク・コンプライアンス委員会」の配下には「品質管理部会」「コンプライアンス部会」「内部統制部会（財務・IT統制）」「情報セキュリティ部会」を置き、主に当社製品を使用時の体調変化、当社事業における法令違反、品質保証、財務・会計、個人情報・営業秘密管理、法規制、訴訟、贈収賄、情報セキュリティについて、各部会にて分析・対応策を検討の上、当該リスク分析と対応策および法令遵守状況について、「グループリスク・コンプライアンス委員会」を通じて年2回定期的かつ適宜ファンケル経営戦略会議に報告しています。

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サステナビリティを経営の中核に置き、重点課題に設けた目標を必達して中長期的な企業価値を向上するために、2021年10月に「サステナビリティ委員会」を設置しました。ファンケル経営戦略会議が監督およびモニタリング機能を十分に果たすために、ファンケル経営戦略会議で決議する方針や戦略に関する事前審議のほか、目標に対する進捗管理や評価、個別施策の審議、気候変動を含む環境側面のリスクと機会を特定・評価し対応策を実施するというPDCAサイクル状況の審議を行っています。重要な案件については「サステナビリティ委員会」を通じ、年4回定期的にファンケル経営戦略会議に報告しています。